はい。
承認済請求依頼の中に「振替種類」・「委託者コード」・「請求指定日」・「件数」・がすべて一致する場合、二重振替として警告メッセージが表示となります。
なお、二重振替であることを確認の上、取引操作の継続を行うこともできます。